مسئول واحد بیماریها: مجتبی شمسی فاقلو
واحد مبارزه با بیماریها دارای دو شاخه اصلی واگیر و غیر واگیر می باشد ، در شاخه ی واگیر با توجه به دفاتر و ادارات وزارت خانه مطبوع و واحدهای استانی مبارزه بابیماریها به صورت بیماریهای قابل پیشگیری با واکسن ، بیماریهای مشترک انسان و دام ، بیماریهای قابل انتقال از آب و غذا ، سل و جذام ، هپاتیت ، ایدز ، حشره شناسی پزشکی ، مالاریا ،، بیماریهای رفتاری و زنجیره سرما تقسیم بندی شده اند.
در شاخه ی غیر واگیر نیز بیماری دیابت ، فشار خون ، سرطان ، فنیل کتونوری ، جانوران سمی ، کم کاری تیروئید نوزادی ، تالاسمی و سوانح و حوادث قرار می گیرند ، البته این تقسیم بندی در واحد وزارت خانه ای به صورت بیماریهای قلب و عروق ، ژنتیک ، اختلالات غدد و سوانح و حوادث می باشد. و در واقع این عناوین هر کدام یکی از برنامه های این ادارات می باشد.